En tant que force armée d'un état souverain n'ayant pas respecté les conventions de Genève, la Wehrmacht a été stigmatisée comme une organisation criminelle au même titre que les autres organismes nazis. Sa participation a pu être établie dans des fusillades d'otages et massacres de civils. Sur le plan personnel, on a imputé à Keitel l'ordre signé de sa main prescrivant de fusiller 50 aviateurs alliés qui avaient tenté de s'évader. Sans parler des directives prescrivant d'abattre les commandos capturés, même revêtus de l'uniforme anglais, et aussi les Français Libres. Ordre qui a été précipitamment annulé quand de Gaulle a fait savoir que les Français Libres fusilleraient aussi, dans ce cas, leurs prisonniers allemands.
Les Soviétiques ont évidemment lourdement impliqué la Wehrmacht dans le traitement barbare infligé aux prisonniers de guerre soviétiques.
La Wehrmacht Heer n'a pas été exempte de crimes de guerre.

Pour la Kriegsmarine, Raeder et Doenitz ont dû s'expliquer sur l'ordre donné aux sous mariniers de ne porter aucune assistance aux naufragés des bateaux qu'ils torpillaient.
L'affaire du Laconia fut évidemment citée par la défense.