Ayant trouvé refuge clandestinement en Suisse, la police de la Confédératon Helvétique le 15 juin 1945, refoule Charbonneau sur la frontière. Il arrive à Fernet-Voltaire. Quelques minutes après, il est accosté par 2 douaniers français. Il est pris.

Dans un premier temps, tous les Miliciens et autres collabos en attente de jugement « font profil bas ». Charbonneau est successivement emprisonné à Bourg en Bresse puis à Fresnes. Ici est rassemblée la plus grande partie des Miliciens. Il reconnaît Detmar (fusillé), Prade, Corrèze, Castille (qui deviendra plus tard vice-président du conseil municipal de Paris…), Jean Mamy (fusillé). Il accompagne par la pensée son oncle Darnand exécuté le 10 octobre 1945.

Pour ceux qui, échappant à la peine de mort, se voient condamner à la prison à temps, c’est le cas de Charbonneau condamné à 10 ans de travaux forcés, ils gagnent en fin 1947 le « camp de la Vierge » à Épinal. Ils se trouvent amalgamés avec d’autres miliciens qui ont semé des troubles aux camps de Noë et d’Eysses et ailleurs et des Alsaciens-Lorrains qui étaient un peu plus que des « malgré nous ».

Le 10 octobre 1948, à l’issue de la messe à la mémoire de Darnand (fusillé le 10 octobre 1945), une partie des prisonniers force les grilles, s’égaye dans la nature. Ils sont tous repris par les CRS. Un des meneurs est Fontanès ( pseudonyme vraisemblablement pour « Fontaine » chargé des services financiers de la Milice )

Le procureur de la république s’avança vers les mutins : « Qui sont ces individus ? ». L’ancien maire d’Obernai qui a eu les pieds gelés devant Moscou, s’avance en claudiquant vers le procureur : « Monsieur ici, il n’a pas d’individus, il n’y a que des hommes ».

Les CRS cernent la nuit les chambrées : transfert à la prison de Claivaux.

Cette prison est chauffée l’hiver contrairement à Fresnes et Bourg. Les paillasses n’ont pas de vermine. La loi du silence est abolie. La promenade est respectée. C’est presque le paradis…sauf que tous les matins il faut vider ses tinettes dans un bac à déjection. Aucun lavabo dans la prison sauf un lavoir dans la cour. Que la « pension » d’Épinal paraissait douce !

Charbonneau et quelques meneurs refusent de travailler 10 h. par jour avec un salaire misérable. Cela les conduit à « l’Isolement ». Ils entonnent des chants SS : « Monica, ma chère compagne… » Mais les salaires sont doublés.

Le 4 février 1949, à 6h. ils sont réveillés par des gendarmes casqués. On pousse Charbonneau et les autres dans des camions cellulaires. « Et maintenant on va foutre le bordel ailleurs ! »

Transfert à Lambèse dans le sud-Algérien.
Lambèse est un véritable camp de la mort dit Charbonneau. La moitié de la population pénale était morte de faim et de cachexie.

Il questionne l’abbé du camp, Parisi. « Qui est votre supérieur hiérarchique ? - c’est monseigneur Duval, évêque de Constantine ( qui devait devenir archevêque d’Alger au moment de l’indépendance) et il est bien avec le député socialiste de Constantine, René Mayer ». Le dimanche 20 avril 1949 Monseigneur Duval vint à Lambèse pour la cérémonie de la « Confirmation ». Il avait promis de soulever les mauvaises conditions de détention des détenus à René Mayer.

Quelques temps après, Charbonneau était libéré. Nous sommes fin 1949. Avant de prendre le bateau à Bône, il passa remercier Monseigneur Duval. Celui-ci lui confia que René Mayer qui allait retrouver son poste de Minitre de la Justice le 29 octbre 1949,lui avait dit: « celui-là, tout compte fait, nous préférons le voir dehors que dedans nos prisons »

La première lois d’amnistie est postérieure à l’élargissement de Charbonneau. Pour les peines inférieures à 15 ans elle date du 5 janvier1951. Une loi très large date de juillet 1953. Après 53, seul une centaine de personnes sera en prison pour fait de guerre et de trahison.