Ce n'est que mon opinion, mais je la partage.
Tant qu'a existé un état français légitime, il eut été inconvenant, voire illégal, d'arborer le drapeau national, dans une force dite dissidente et rebelle.
Rien que cet emblème impliquait une volonté politique de changement de régime, et les FFL l'ont évidemment complété par l'adjonction de la croix de Lorraine dans la partie centrale. C'était notamment le drapeau des navires des FNFL.

Quand les forces giraudistes ont rejoint le combat libérateur, elles ont également arboré ce drapeau, façon délicate de se dire un peu moins pétainistes, mais sans la croix de Lorraine, pour ne pas se rallier à la dissidence gaulliste.

A l'automne 44, de toute façon, le drapeau national pouvait être librement arboré, Pétain n'ayant pas emporté la légitimité française à Sigmaringen.